קורסי החובה כוללים קורסים על מהות המקצוע: מיומנויות של קריאה וכתיבה אקדמית, שנועד להרגיל את הסטודנטים לשיטות המקובלות בעולם האקדמי – כיצד אפשר לאתר, להתייחס ולהשתמש במחקרים היסטוריים בצורה מיטבית, וכיצד מגישים עבודה אקדמית שכתבנו בעצמנו. לצד זה, הקורס הוראת היסטוריה באמצעות פריטי מקור, המתקיים בדרך כלל בספריה הלאומית, מפגיש את הסטודנטים עם המקורות ההיסטוריים עצמם, אלה השמורים באוספי הספריה הלאומית.
קורסי חובה נוספים הם קורסים בעלי אופי כללי, מבואי, והם נועדו לתת לסטודנטים את בסיס הידע, לפי תקופות עיקריות:
העת העתיקה, חלק א' – יוונות ויהדות, חלק ב' – רומא ויהודה. שני קורסים המתארים את ההיסטוריה של תקופת יון ורומא ואת הקשרים בין תרבויות אלה לבין העולם היהודי אז.
היסטוריה של ימי הביניים, קורס בשני חלקים, בהיקף גדול – ראשון ורביעי לכל אורך השנה. יום ראשון בהוראה מרחוק, רביעי בהוראה במכללה. הקורס שואף להציג לפניכם את התקופה הארוכה (כאלף שנה!) שזכתה – בצדק או לא – לכינוי המעליב "ימי הביניים", אם כי מתברר שזו דוקא תקופה מעניינת מאוד. הקורס ממתייחס הן להיסטוריה כללית והן להיסטוריה שלעם ישראל בימי הביניים, כאשר הם חיו בין אומות העולם כמיעוט, במאמץ לייצב לעצמם בטחון קיומי ואוטונומיה דתית.
את התמונה של ימי הביניים משלים הקורס מבוא לאסלאם, העוסק בהתפתחות הדתית של המוסלמים, על שיטותיהם ופלגיהם, מאז ימי מוחמד ואל תוך התקופות הגדולות של האיסלאם בימי הביניים, כאשר המוסלמים החזיקו אימפריות ענק והובילו את התרבות העולמית. גם קורס זה מחולק לשני חלקים.
קורסי החובה של העת החדשה מתחלקים לארבע יחידות סמסטריאליות. שמתרכזות בתקופה שבין המאות 18–20. מאתיים שנה אלה מחולקות בחלוקות משנה לפי זמן ולפי נושאים. שניים מהקורסים עוסקים בתולדות אירופה, מאז המהפכה הצרפתית ולאחר מכן מאז מחצית המאה ה-19, ושניים אחרים – בתולדות היהודים: במפגשיהם המורכבים עם רעיונות הנאורות, ולאחר מכן עם התנועות ההמוניות ששינו את העולם במאה ה-19.
ארץ ישראל במאה העשרים גם הוא אחד מנושאי החובה, והוא נלמד בשנה ב'.
חותם את רשימת קורסי החובה – הסמינריון, הנלמד בשנה ג'. בקורס זה הסטודנטים כותבים עבודת מחקר אקדמית רחבה, בליווי צמוד של מרצה הקורס.
לימודי החובה במחשבת ישראל מאפשרים לסטודנטים בחירה בין נושאים שונים, כאשר הכלל הוא שיש ללמוד שני קורסים סמסטריאליים במחשבת ישראל במהלך התואר. אנו מציעים נושאים שונים בתרבות היהודית הכתובה לסוגיה, או בפילוסופיה שלה. לעיתים הקורסים האלה בנויים לפי תקופות, ולעיתים לפי נושאים מובילים.
קורסי החובה שנסקרו כאן מכוונים לפי התקדמות הלימודים, כך שרוב קורסי החובה נלמדים כבר בשנה א'. זאת כדי להעניק לסטודנטים בסיס ידע ראשוני, שהוא חיוני הן להמשך הלימודים והן להתחלת העבודה המעשית בבתי הספר בשנה ב'.
